Senior Machine Learning Scientist

Название: Старший научный сотрудник по машинному обучению Местоположение: Quotient Therapeutics, Inc. / Кембридж, Великобритания

(Старший) научный сотрудник, машинное обучение

О Quotient Therapeutics Quotient Therapeutics — компания Flagship Pioneering, которая использует соматическую геномику для поиска мишеней для лекарств. Мы используем высокоточное секвенирование для обнаружения редких соматических мутаций в клетках нераковых больных человеческих тканей. Мутации, которые помогают клеткам выживать или размножаться в условиях заболевания, указывают на причинную биологию. Мы используем эти данные для определения и оценки мишеней, а также для принятия решения о том, следует ли копировать (защитные мутации) или противодействовать (продвигающие заболевание мутации) мишени.

Должность Quotient ищет (старшего) научного сотрудника в области машинного обучения для создания моделей и ИИ-агентов, которые преобразуют наши данные соматических мутаций в доказательства для поиска мишеней. Центральный вопрос заключается в том, как данная мутация влияет на белок, и объясняет ли этот эффект, почему клетки, несущие ее, отбираются при заболевании. Вы будете создавать модели влияния вариантов на функцию белка и связывать их с геномными данными, данными одноклеточного анализа, данными пертурбаций и фенотипическими данными. Вы также будете разрабатывать агентные рабочие процессы ИИ, которые помогут ученым анализировать данные, проверять гипотезы и принимать решения.

Это практическая роль в междисциплинарной команде. Вы будете писать четкий, протестированный код, использовать современные ИИ-инструменты для ускорения работы и тесно сотрудничать с вычислительными биологами, экспериментальными биологами, инженерами и руководителями по поиску мишеней, которые используют ваши результаты. Должность находится в Кембридже, Великобритания, и является гибридной, с минимумом 3 дня в неделю в офисе.

Ключевые обязанности

• Разработка и оценка моделей, предсказывающих, как кодирующие и некодирующие варианты влияют на функцию, стабильность, взаимодействие и активность белка в сигнальных путях, с использованием белковых языковых моделей, методов на основе структуры и смежных подходов.
• Использование прогнозов влияния вариантов для интерпретации сигналов соматического отбора, включая определение того, являются ли мутации, вероятно, утрачивающими функцию, приобретающими функцию или нейтральными, а также их кластеризацию в структуре белка.
• Проектирование, создание и оценка ИИ-агентов и агентных рабочих процессов для получения доказательств, выполнения анализов и поддержки тестирования гипотез и оценки мишеней.
• Обучение, дообучение или адаптация фундаментальных моделей, языковых моделей и методов обучения представлений для поиска мишеней.
• Использование ИИ-инструментов для кодирования для ускорения разработки, сохраняя при этом читаемость, тестируемость и воспроизводимость кода.
• Работа в качестве основного члена междисциплинарных проектных групп, совместное владение целями команды и вклад в общие кодовые базы, обзоры и инструменты.
• Четкое доведение результатов до ученых и руководства по поиску мишеней, включая предположения моделей, ограничения и следующие шаги.

Квалификация

• PhD в области машинного обучения, информатики, вычислительной биологии, геномики, биоинформатики, статистики, инженерии или смежной области, или степень магистра с эквивалентным опытом. Уровень (научный сотрудник или старший научный сотрудник) будет определяться на основе опыта.
• Отличные навыки работы с Python и опыт создания практических систем глубокого обучения (например, PyTorch, JAX).
• Опыт обучения, оценки или применения моделей машинного обучения к сложным биологическим данным реального мира.
• Понимание того, как генетические варианты влияют на структуру и функцию белка, и опыт использования методов прогнозирования влияния вариантов (например, белковых языковых моделей, таких как ESM, моделей на основе структуры или инструментов, таких как AlphaMissense).
• Регулярное использование ИИ-ассистентов для кодирования, рабочих процессов на основе LLM или инструментов агентной разработки в своей работе.
• Глубокие знания в одной или нескольких из следующих областей: фундаментальные модели биомедицины, ИИ-агенты, Perturb-seq или одноклеточная геномика, моделирование генотипа-фенотипа, причинно-следственный вывод, моделирование пертурбаций или крупномасштабные биологические наборы данных.
• Подтвержденная способность работать в междисциплинарных командах и объяснять технические результаты неспециалистам.
• Подтверждение технической глубины посредством публикаций, диссертационной работы, проектов с открытым исходным кодом, промышленных проектов или значительных прикладных исследований.

Ценности и поведение

• Поощрение уважительных разногласий и воспитание открытого, свободного от эгоизма взаимодействия для постоянного стремления к совершенству.
• Поиск разнообразных точек зрения; практика активного слушания и искреннего любопытства для обеспечения того, чтобы все вклады ценились, независимо от источника.
• Осознание влияния вашего поведения, языка и отношения, и стремление к сбалансированным, содержательным обменам, которые способствуют взаимному росту и пониманию во всех взаимодействиях.
• Использование мышления «компания прежде всего» для принятия решений; приоритет командного успеха над индивидуальным.
• Принятие рассчитанных рисков и оспаривание устоявшихся норм в поисках исключительных результатов.

О Quotient: Quotient Therapeutics — это частная компания на ранней стадии разработки прорывных лекарств, основанных на естественном соматическом генетическом разнообразии, присутствующем у пациентов. Благодаря нашей работе в области соматической геномики мы создаем новый статус-кво в исследованиях и разработке биофармацевтических препаратов в рамках широкого спектра внутренних и партнерских программ.

Компания была основана Flagship Pioneering, инновационным предприятием, которое разрабатывает, создает, финансирует и развивает ведущие в своей категории компании в области наук о жизни. За последние двадцать лет Flagship Pioneering создала более 100 новаторских компаний, каждая из которых является первопроходцем в использовании новых и запатентованных биологических, промышленных и инженерных подходов для решения серьезных проблем в области здравоохранения человека и устойчивого развития. Среди этих компаний Moderna (MRNA), Generate Biomedicines, Sana Biotechnology (SANA), Tessera Therapeutics, Evelo Biosciences (EVLO), Indigo Agriculture, Seres Therapeutics (MCRB) и Syros Pharmaceuticals (SYRS).

Quotient Therapeutics и Flagship Pioneering привержены принципам равных возможностей трудоустройства независимо от расы, цвета кожи, происхождения, религии, пола, национального происхождения, сексуальной ориентации, возраста, гражданства, семейного положения, инвалидности, гендерной идентичности или статуса ветерана.

Рекрутинговые и кадровые агентства: Quotient Therapeutics («Quotient») и Flagship Pioneering («FSP») не принимают незапрошенные резюме ни от кого, кроме кандидатов. Предоставление незапрошенных резюме рекрутинговыми или кадровыми агентствами Quotient, FSP или их сотрудникам строго запрещено, если только с ними не связался напрямую отдел подбора персонала Flagship Pioneering. Любое резюме, представленное агентством при отсутствии подписанного соглашения, автоматически становится собственностью FSP, и FSP не будет выплачивать никаких реферальных или иных сборов в связи с этим.

Уведомление о конфиденциальности для кандидатов: Когда вы подаете заявление на должность в Flagship Pioneering или одной из ее портфельных компаний, мы собираем и используем предоставленную вами личную информацию (такую как ваше имя, контактные данные, трудовой стаж и материалы заявления) для оценки вашего заявления, связи с вами и соблюдения юридических обязательств. Данные вашего заявления обрабатываются через Greenhouse, нашу систему отслеживания кандидатов, и могут также просматриваться с использованием инструментов скрининга с помощью ИИ. Мы не продаем вашу личную информацию. Жители Калифорнии имеют права в соответствии с CCPA/CPRA, включая право знать, удалять и отказаться от продажи своей личной информации. Если вы находитесь в ЕС или Великобритании, мы обрабатываем ваши данные в соответствии с GDPR, и вы имеете права на доступ, исправление и удаление ваших данных. Чтобы воспользоваться своими правами или задать вопросы, свяжитесь с контакт рекрутера.