Senior Bioinformatics Scientist – AI/ML for Protein Engineering

Название: Старший научный сотрудник по биоинформатике – ИИ/МО для инженерии белков Местоположение: США – Калифорния – Сан-Диего

Название: Старший научный сотрудник по биоинформатике ИИ МО для инженерии белков

Местоположение: США – Калифорния – Сан-Диего Трудоустройство: Полный рабочий день

Что, если бы работа, которую вы выполняете каждый день, могла повлиять на жизнь людей, которых вы знаете? Или на все человечество?

В Illumina мы расширяем доступ к геномным технологиям для достижения справедливости в области здравоохранения для миллиардов людей во всем мире. Наши усилия позволяют совершать открытия, изменяющие жизнь, которые преобразуют здоровье человека благодаря раннему выявлению и диагностике заболеваний, а также новым вариантам лечения пациентов.

Работа в Illumina означает быть частью чего-то большего, чем вы сами. Каждый человек, на каждой должности, имеет возможность внести свой вклад. В окружении выдающихся людей, вдохновляющих лидеров и проектов, меняющих мир, вы сделаете больше и станете больше, чем когда-либо могли себе представить.

Мы ищем старшего научного сотрудника по биоинформатике, специализирующегося на проектировании и инжиниринге белков с использованием искусственного интеллекта, чтобы помочь создать новое поколение ферментных реагентов, которые обеспечивают работу платформы секвенирования Illumina. Работая на стыке машинного обучения, структурной биологии и инжиниринга белков, вы будете применять передовые вычислительные подходы для проектирования ферментов, которые расширяют производительность и возможности технологий Illumina. Должность находится в Сан-Диего. Это захватывающая возможность стать частью продолжающегося роста Illumina.

Обязанности:

• Разработка и применение специализированных инструментов и конвейеров биоинформатики для проектирования, инжиниринга и/или открытия новых ферментов.
• Применение современных подходов ИИ, включая языковые модели белков, методы генеративного дизайна и машинное обучение на основе структур, для прогнозирования и оптимизации функции ферментов.
• Оценка применения, разработки и внедрения новых вычислительных методов и технологий ИИ для использования данных последовательностей, структур и/или экспериментальных данных белков для инжиниринга ферментов.
• Создание повторно используемых шаблонов, скриптов, информационных панелей или легких приложений, которые позволяют проектным группам более эффективно выполнять рутинные анализы и просматривать рекомендации по вычислениям.
• Вклад в стандарты для сбора данных, оценки моделей, обоснования дизайна и воспроизводимых вычислительных рабочих процессов.
• Анализ данных высокопроизводительного скрининга и секвенирования для оптимизации белков.
• Участие в междисциплинарных проектах по инжинирингу белков и взаимодействие с инженерами, химиками, биофизиками и специалистами по белкам для получения вариантов белков с желаемыми свойствами.

Все перечисленные задачи и обязанности считаются основными функциями этой должности; однако условия ведения бизнеса могут потребовать разумных приспособлений для выполнения дополнительных задач и обязанностей.

Требования:

• Обычно требуется минимум 5 лет соответствующего опыта работы со степенью бакалавра; или 3 года со степенью магистра; или степень доктора философии без опыта; или эквивалентный опыт работы.
• Практический опыт разработки и применения методов ИИ/МО для инжиниринга белков и ферментов.
• Прочные навыки программирования как минимум на одном из основных языков программирования (например, C/C++, Python, R).
• Глубокие знания моделирования последовательностей или структур белков, прогнозирования взаимодействий белок-лиганд и/или молекулярного моделирования.
• Прочные основы в области статистического моделирования, проектирования алгоритмов, анализа данных и/или методов визуализации.
• Отличные коммуникативные навыки, как устные, так и письменные.
• Способность к сотрудничеству, открытость и самосознание, командный игрок, способный быстро интегрироваться в межфункциональные команды.
• Высоко мотивированный человек с доказанной способностью к инновационному мышлению и подтвержденным опытом продуктивных исследований и разработок.

Предпочтительный опыт:

• Опыт работы с фундаментальными моделями ИИ/МО и языковыми моделями белков для инжиниринга белков, включая генеративный дизайн белков, оценку нулевых вариантов, обучение с учителем, дизайн библиотек с использованием моделей, обучение с шумоподавлением и учетом неопределенности, а также многопараметрическую оптимизацию свойств белков.
• Опыт работы с прогнозированием структур, моделированием белок-лиганд или фермент-субстрат, молекулярной динамикой, стыковкой или бифизическим анализом (например, Rosetta, Protein MPNN, RFdiffusion, Boltz, Alphafold).
• Опыт разработки стандартов данных, схем анализов, информационных панелей или легких инструментов для ученых-экспериментаторов.
• Опыт работы с ИИ-агентами.
• Фреймворки глубокого обучения, такие как PyTorch, TensorFlow или JAX.
• Крупномасштабный анализ биологических данных с использованием облачных сред или сред высокопроизводительных вычислений. Опыт работы с высокопроизводительными вычислениями, планировщиками заданий и/или вычислениями на GPU.
• Опыт работы с экспериментами в области инжиниринга белков, например, направленной эволюцией, высокопроизводительным скринингом.
• Знание лучших практик разработки программного обеспечения и контроля версий кода, например, Git.
• Знание среды UNIX и скриптового языка оболочки.
• Широкие знания баз данных, инструментов и/или алгоритмов в области биоинформатики, геномики и/или протеомики.
• Знание биохимии, энзимологии и/или молекулярной биологии.
• Знакомство с технологиями, инструментами и/или рабочими процессами секвенирования нового поколения.

Оценочный диапазон базовой заработной платы для должности старшего научного сотрудника по биоинформатике – ИИ/МО для инженерии белков в Соединенных Штатах Америки составляет: $129 400 - $194 000. Если уровень или местоположение должности изменятся в процессе найма, соответствующий диапазон базовой оплаты может быть обновлен. Диапазон отражает долгосрочный рост на данной должности; следовательно, большинство кандидатов принимаются на работу между минимальным значением и серединой диапазона. Распределение зависит от опыта, навыков, местоположения и внутренней справедливости. Кроме того, все сотрудники имеют право на участие в одной из наших программ переменного денежного вознаграждения (бонус или комиссия), а кандидаты на соответствующие должности могут получить опционы как часть компенсационного пакета. Мы предлагаем широкий спектр преимуществ, столь же инновационных, как и наша работа, включая доступ к геномному секвенированию, планированию семьи, медицинскому/стоматологическому/офтальмологическому страхованию, пенсионным пособиям и оплачиваемому отпуску.

Мы компания, глубоко укорененная в чувстве принадлежности, способствующая созданию инклюзивной среды, где сотрудники чувствуют себя ценными и имеют возможность внести свой вклад в нашу миссию. Основанная на прочном фундаменте, Illumina всегда отдавала приоритет открытости, сотрудничеству и поиску альтернативных точек зрения для продвижения инноваций в геномике. Мы с гордостью подтверждаем нулевой разрыв в оплате труда независимо от пола, этнической принадлежности или расы. У нас также есть несколько групп по поддержке сотрудников (ERG), которые предоставляют возможности для карьерного роста, повышают культурную осведомленность и предлагают возможности для участия в социальной ответственности. Мы с гордостью являемся работодателем, предоставляющим равные возможности, и стремимся предоставлять рабочие места независимо от пола, расы, вероисповедания, цвета кожи, гендера, религии, семейного положения, статуса сожителя, возраста, национального происхождения или происхождения, физических или умственных недостатков, состояния здоровья, сексуальной ориентации, беременности, статуса военнослужащего или ветерана, гражданства и генетической информации. Illumina проводит проверку биографических данных кандидатов, которым сделано условное предложение о работе. Квалифицированные кандидаты с историей арестов или судимостей будут рассматриваться на предмет трудоустройства в соответствии с применимыми местными, государственными и федеральными законами. Результаты проверки биографических данных могут привести к отзыву условного предложения о работе. Процесс проверки биографических данных и любые решения, принятые в результате, будут осуществляться в соответствии со всеми применимыми местными, государственными и федеральными законами. Illumina запрещает использование генеративного искусственного интеллекта (ИИ) в процессе подачи заявок и собеседования. Если вам требуется помощь для завершения процесса подачи заявки или собеседования, пожалуйста, свяжитесь с контакт рекрутера. Вакансия будет открыта до тех пор, пока не будет выбран окончательный кандидат или пока на вакансию не будет достаточное количество квалифицированных претендентов. Эта должность не подлежит спонсорству визы.