Название: Старший инженер по автоматизации, Платформа Биологии
Местоположение: Vesalius Therapeutics / Кембридж, Массачусетс, США
Что, если бы вы могли присоединиться к быстрорастущей компании и сыграть ключевую роль в доставке новых лекарств пациентам, помогая масштабировать программируемую инфраструктуру, лежащую в основе новой платформы клеточной биологии человека?
О Vesalius
Vesalius Therapeutics разрабатывает новую платформу для создания прорывных методов лечения распространенных заболеваний. Наша платформа объединяет крупномасштабную человеческую генетику, геномику, исследования стволовых клеток, высокоразмерную клеточную фенотипизацию и искусственный интеллект для раскрытия причинной биологии и определения оптимальных точек вмешательства для новых терапий. Vesalius была основана в 2019 году компанией Flagship Pioneering.
Обзор роли
Vesalius Therapeutics разрабатывает новую платформу для создания прорывных методов лечения распространенных заболеваний. Наша платформа объединяет крупномасштабную человеческую генетику, геномику, исследования стволовых клеток, высокоразмерную клеточную фенотипизацию и искусственный интеллект для раскрытия причинной биологии и определения оптимальных точек вмешательства для новых терапий. Vesalius была основана в 2019 году компанией Flagship Pioneering.
Ключевые обязанности
- Внедрение Benchling в качестве платформы данных, а не только ELN: схемы сущностей, хранилище Postgres, Insights, API и поддерживающие интеграции.
- Обеспечение сквозного отслеживания образцов. Цепочка владения от донорского материала до клеточной линии, флакона, размораживания, выполнения анализа и выходных данных прибора, а также связи, позволяющие привязать результат к образцу, который его произвел.
- Предоставление команде по данным данных, готовых к анализу, включая структурированный сбор метаданных, стабильные идентификаторы и документированные схемы с надежной передачей.
- Выявление пробелов в коммерческом программном обеспечении и проектирование, развертывание и эксплуатация REST API и внутренних веб-приложений, например, парсера результатов, интерфейса планирования или приложения для интеграции Benchling.
- Создание интеграций между платформами автоматизации, приборами, LIMS/ELN, системами визуализации, базами данных и последующими конвейерами данных.
- Создание инструментов, которые ученые используют самостоятельно: интерфейсы поиска, списки выборки, панели мониторинга мощности.
- Исследование и устранение несоответствий, таких как инвентарные запасы, которые не сходятся после миграции, и создание проверок, которые выявляют их раньше.
- Применение надежных практик разработки программного обеспечения: контроль версий, тестирование, отладка, модульная конструкция и документация, которую может поддерживать другой человек.
- Партнерство с научными командами, командами автоматизации, ИТ и командами данных, связывая экспериментальную работу с системами, которые ее записывают.
- Прогнозирование будущих потребностей в данных и интеграции, планирование их и сохранение гибкости в изучении новых систем по мере развития платформы.
Квалификация
- Степень бакалавра или магистра в области компьютерных наук, инженерии, биоинженерии, биомедицинской инженерии, вычислительной биологии или смежной области, либо степень в области естественных наук с подтвержденным опытом программирования.
- Более 4 лет опыта создания программного обеспечения, инструментов или инфраструктуры данных в лабораторных или научно-исследовательских условиях, включая время, когда вы отвечали за систему, от которой ежедневно зависели другие люди.
- Отличное знание Python и SQL: соединения, агрегаты, CTE и оконные функции.
- Глубокий практический опыт работы с LIMS или ELN и их API. Предпочтительно Benchling; Sapio, Dotmatics, LabVantage или аналогичные приветствуются.
- Опыт развертывания и эксплуатации веб-приложений: REST API, фронтенд для других пользователей, включая аутентификацию, развертывание и обслуживание.
- Опыт работы с процессами перемещения данных в лаборатории: как регистрируется образец, как он становится экспериментом, как фиксируются выходные данные прибора и как результат привязывается к образцу.
- Уверенность в самостоятельном владении доменом, наряду с сильной научной и аппаратной поддержкой.
- Отличные коммуникативные навыки и навыки документирования, а также способность эффективно работать в научных командах, командах автоматизации, ИТ и командах данных.
Предпочтительный опыт
- Benchling: схемы сущностей, хранилище, Insights, платформа разработчика, веб-хуки или приложения.
- Парсинг выходных данных приборов (планшетные ридеры, имиджеры, секвенаторы) в структурированные результаты, связанные с образцом.
- Облачная инфраструктура, такая как AWS, событийно-ориентированные интеграции или конвейеры данных, поддерживающие автоматизированные лабораторные среды.
- Работа с автоматизированными дозаторами, интегрированными рабочими ячейками или программным обеспечением для планирования лабораторных работ (Hamilton, Tecan, HighRes Biosolutions, Dynamic Devices, Beckman или аналогичные) в качестве интегратора, а не программиста.
- Культивирование клеток млекопитающих в лаборатории, особенно системы iPSC, и асептическая техника.
- Предыдущий опыт работы в лабораторной среде с высокой степенью автоматизации.
- Способность устранять неполадки в программном обеспечении, оборудовании, связи с приборами, данных и рабочих процессах отслеживания образцов.
- Наставничество или развитие небольшой команды.
- Регулируемая или GxP-смежная среда или написание документации по валидации и проверке.
В Flagship мы принимаем невыполнимые миссии, чтобы обеспечить более крупные прорывы. Наши основные ценности направляют нас через неопределенность и к долговременному влиянию.
Мы являемся работодателем, предоставляющим равные возможности. Все квалифицированные кандидаты будут рассмотрены для трудоустройства независимо от расы, цвета кожи, религии, пола, сексуальной ориентации, гендерной идентичности, национального происхождения, инвалидности, статуса защищенного ветерана или любой другой характеристики, защищенной законом.
Мы признаем, что отличные кандидаты часто привносят уникальные сильные стороны, не соответствуя всем квалификационным требованиям. Если у вас есть часть перечисленного выше опыта, но не весь, пожалуйста, все равно подайте заявку. Мы стремимся создавать разнообразные и инклюзивные команды и с нетерпением ждем возможности узнать больше о вашем опыте и интересе к Flagship.
Диапазон заработной платы для этой должности составляет 108 000–170 700 долларов США. Компенсация за должность будет зависеть от ряда факторов, включая квалификацию, навыки, компетенции и опыт кандидата. Vesalius Therapeutics в настоящее время предлагает медицинское страхование, программу ежегодного поощрения, пенсионные льготы и широкий спектр других льгот. Информация о компенсации и льготах основана на добросовестной оценке Vesalius Therapeutics на дату публикации и может быть изменена в будущем.
