Senior Bioinformatics Scientist

Компенсация: 126 000–182 000 $ в год

В Nautilus у нас есть большая и важная миссия: положительно влиять на здоровье и жизнь людей по всему миру, раскрывая потенциал протеома. Мы разрабатываем платформу для анализа белков на уровне отдельных молекул с беспрецедентной чувствительностью, масштабом и простотой использования, которая, по нашему мнению, демократизирует доступ к протеому — одному из самых динамичных и ценных источников биологических знаний. Для достижения этой цели мы решаем сложные научные задачи с предпринимательским подходом и создаем команду мирового класса, состоящую из строителей, новаторов и мечтателей из широкого спектра дисциплин.

Мы активно ищем талантливого старшего научного сотрудника по биоинформатике, который присоединится к нашей растущей команде. Превращение данных, генерируемых нашей платформой, в надежные протеомные данные зависит от хорошо разработанных, оптимизированных и понятных анализов. В этой роли вы будете тесно сотрудничать с учеными, занимающимися разработкой анализов, реагентов и платформы, чтобы проектировать эксперименты, определять критерии успеха и преобразовывать результаты в решения о том, как должны работать наши анализы — будь то разработка нового анализа, оптимизация существующего или понимание того, почему результат не оправдал ожиданий. Успешное выполнение этой задачи требует понимания всей истории эксперимента: использованных партий реагентов, дизайна эксперимента, необработанных данных, способа обработки этих данных и того, подтверждают ли статистические данные выводы. Мы ищем человека с исключительными коммуникативными навыками, который комфортно работает с данными, где бы они ни находились, и имеет глубокое понимание экспериментальной работы. Эта роль изначально широка и хорошо подходит для человека с позитивным настроем и искренним желанием учиться, который любит разнообразие и получает удовлетворение от помощи командам в принятии обоснованных решений на основе данных.

Эта должность будет подчиняться научному сотруднику по биоинформатике. Место работы: Сан-Карлос, Калифорния. Требуется минимум три дня в офисе.

Обязанности

• Сотрудничество с учеными для проведения анализов протеоформ и протеома на основе нашей платформы протеомики отдельных молекул, работающей на базе Iterative Mapping.

• Самостоятельный анализ данных Iterative Mapping от начала до конца — от метаданных запуска до обработки изображений, декодирования белков и статистических выводов — с последующим четким и действенным представлением результатов и рекомендаций всем сотрудникам компании, независимо от их научного образования.

• Оптимизация производительности анализов путем определения рычагов для улучшения воспроизводимости и количественной точности.

• Руководство экспериментальным дизайном, включая контроль, реплики и размеры выборки, а также проведение анализов чувствительности и мощности, которые устанавливают критерии приемки до сбора данных.

• Диагностика неожиданных экспериментальных результатов путем формирования и тестирования гипотез, охватывающих реагенты, приборы, обработку изображений и алгоритмы, а также использование полученных уроков в следующем раунде проектирования анализов.

• Разработка и поддержание метрик и отчетов по контролю качества, которые ученые используют для оценки своих запусков, установление обоснованных порогов и объяснение значения каждого показателя и причин его важности.

• Доступ и интеграция данных, где бы они ни находились, включая облачные хранилища данных, объектные хранилища, локальные файловые серверы и записи метаданных экспериментов, при необходимости устраняя несоответствия.

• Преобразование повторяющихся анализов в многократно используемые, протестированные программные инструменты, которые может запускать более широкая команда.

• Тесное и межфункциональное взаимодействие с химиками, инженерами и разработчиками алгоритмов в рамках проектных команд по всей компании.

Требования

• Степень PhD по биоинформатике, вычислительной биологии, биостатистике, биофизике, химии или смежной количественной области.

• Минимум 4 года опыта работы в отрасли.

• Позитивный настрой и желание учиться: стремление браться за незнакомые проблемы, осваивать новые области и предлагать идеи, а не ждать постановки задач.

• Исключительные навыки письменного и устного общения, включая способность объяснять технические выводы нетехнической аудитории.

• Практический опыт анализа данных, полученных в результате лабораторных экспериментов, в идеале включая разработку или оптимизацию анализов, с глубоким пониманием того, как проводится работа на стенде и что влияет на производительность анализов.

• Доказанная способность отслеживать сложные реальные проблемы с данными от необработанных данных до первопричины.

• Прочная основа в прикладной статистике, включая распределения и вариативность, проверку гипотез, а также анализ мощности/чувствительности.

• Опыт работы с Python для анализа и визуализации данных (например, pandas, NumPy, SciPy).

• Комфортная работа на локальных машинах, общих серверах и в облачных средах, включая Linux и Git.

• Опыт работы с сервисами хранения и обработки данных AWS (например, Athena, S3) предпочтителен.

• Практический опыт работы в лаборатории предпочтителен.

• Опыт работы с протеомикой предпочтителен.

• Опыт перехода анализа от ранней разработки к производству предпочтителен.

• Опыт создания панелей мониторинга или интерактивных инструментов для нетехнических пользователей (например, Dash, Marimo) предпочтителен.

Культура команды Nautilus

• Мы любознательные первопроходцы: это команда пожизненных учеников, которые не боятся браться за большие вызовы и принимают этот путь.

• Мы внимательны к деталям: мы проводим отличные научные исследования, работая умно и усердно, где мы учимся на своих пробах и ошибках.

• Мы легки в общении: мы хотим, чтобы на нашем рабочем месте каждый мог поделиться своим мнением и к нему относились с уважением и добротой.