Lead Bioinformatics Engineer

Заголовок: Ведущий инженер по биоинформатике Местоположение: Flagship Pioneering / Кембридж, Массачусетс, США

О FLAGSHIP PIONEERING Flagship Pioneering — это инновационное предприятие в области наук о жизни, которое создает и развивает трансформирующие компании. С момента своего основания в 2000 году Flagship основал более 100 предприятий, включая Moderna, и вложил более 4 миллиардов долларов в научные открытия. Наша команда Scientific Cloud является связующим звеном, обеспечивающим работу инфраструктуры данных и технологий по всему растущему портфелю компаний Flagship. О Scientific Cloud: Scientific Cloud — это ИТ-организация Flagship Pioneering, ориентированная на портфель, отвечающая за облачную инженерию, инженерию данных и информатику, системы исследований, лабораторные системы и возможности управления поставщиками, которые обеспечивают работу новых компаний Flagship. Команда работает с ориентацией на портфель — создавая надежную, общую инфраструктуру, на которую отдельные предприятия могут полагаться на каждом этапе создания и роста компании. ДОЛЖНОСТЬ Flagship Pioneering ищет инженера по биоинформатике для присоединения к команде Scientific Cloud в составе Flagship IT. Это высокоэффективная роль индивидуального исполнителя, подчиняющаяся директору отдела Scientific Cloud Engineering и входящая в состав подкоманды. Инженер по биоинформатике будет владеть и управлять стеком биоинформатических платформ Flagship, создавать повторно используемые каркасы конвейеров, которые портфельные компании могут развертывать самостоятельно, и служить критически важным мостом между библиотекой биоинформатики с открытым исходным кодом Pioneering Intelligence и научными командами по всему портфелю Flagship, которым необходимо использовать этот код. Не менее важно, t — включая UK Biobank, Francis Crick Institute, dbGaP и аналогичных поставщиков курируемых наборов данных — обеспечивая своевременный, соответствующий требованиям доступ ученых Flagship и портфельных компаний к лучшим в мире биологическим данным. Эта роль основана на владении платформой и ее развитии, а не на специализированном консалтинге. Идеальный кандидат обладает глубокими техническими знаниями, организационной проницательностью и одинаково комфортно чувствует себя как в создании инфраструктуры производственного уровня, так и в обучении научных команд самостоятельному ее использованию. ОСНОВНЫЕ ОБЯЗАННОСТИ Инженерия и развитие биоинформатических платформ Владеть и управлять стеком биоинформатических платформ портфеля Flagship — включая CodeOcean, Sequera (Nextflow Tower), Tamarind.bio и смежные инструменты — выступая в качестве основного администратора, настройщика и первого пункта эскалации по вопросам платформы. Создавать и поддерживать библиотеку повторно используемых шаблонов конвейеров производственного качества и стартовых развертываний, которые портфельные компании и команды Pioneering Medicines могут использовать без необходимости индивидуальной разработки для каждого случая. Служить техническим мостом между библиотекой биоинформатики с открытым исходным кодом Pioneering Intelligence и конечными пользователями из портфельных компаний — преобразовывая предоставленный код в развертываемые, документированные рабочие процессы, которые ученые и команды информатики могут использовать самостоятельно. Устанавливать и поддерживать стандарты форматов биоинформатических данных, документации конвейеров и рекомендаций по внесению вклада в код, обеспечивая соответствие как внутренних, так и предоставленных PI рабочих процессов единым стандартам воспроизводимости и переносимости. Руководить учеными и командами информатики портфельных компаний в создании и адаптации конвейеров в рамках платформы; цель — научная самодостаточность на уровне компании, а не долгосрочное владение конвейерами со стороны Scientific Cloud. Сотрудничать с Scientific Cloud Engineering для обеспечения соответствия инфраструктуры биоинформатической платформы стандартам корпоративной облачной архитектуры, включая управление идентификацией, меры безопасности и управление затратами. Консорциумы и партнерства по институциональным данным Выступать в качестве основного представителя Flagship в отношениях с внешними консорциумами и репозиториями геномных и биомедицинских данных, включая, но не ограничиваясь, UK Biobank, Francis Crick Institute, dbGaP, GTEx, ENCODE и другими поставщиками курируемых наборов данных. Управлять полным жизненным циклом соглашений о доступе к данным — включая заявки в комитет по доступу к данным (DAC), соглашения о доступе к данным (DUA), продления и отчеты о соответствии требованиям — в координации с юридической службой и службой по обеспечению соответствия Flagship. Отслеживать дорожные карты и новые наборы данных ключевых партнеров консорциума, проактивно выявляя новые возможности доступа к данным, соответствующие научным потребностям портфеля. Координировать интеграцию новых наборов данных из консорциумов в среду данных Flagship, работая с коллегами из команды инженерии данных для обеспечения надлежащей загрузки, метаданных управления и средств контроля доступа. Налаживать отношения с руководителями по операциям с данными и научными руководителями в партнерских учреждениях для оптимизации процессов доступа и углубления сотрудничества. Межфункциональное сотрудничество Тесно сотрудничать с коллегами из команды Data & Informatics Engineering — включая архитекторов данных, инженеров данных и инженеров-программистов — для обеспечения интеграции биоинформатических рабочих нагрузок в общие платформы данных, конвейеры и каталоги. Сотрудничать с коллегами из Research Systems, Lab Systems и подразделений информатики во Flagship и портфельных компаниях для понимания научных требований и их преобразования в возможности платформы. Сотрудничать с командами Data Science и Machine Learning Pioneering Intelligence (PI) для обеспечения надлежащего форматирования, аннотирования и доступности обработанных омиксных наборов данных для последующих аналитических рабочих процессов и рабочих процессов искусственного интеллекта. Участвовать в междисциплинарных технических обзорах, архитектурных дискуссиях и церемониях спринта в качестве члена команды Scientific Cloud. Вносить вклад в разработку общих стандартов, руководств и документации, которые приносят пользу всей организации Scientific Cloud и портфелю. Научное и техническое руководство Выступать в качестве внутреннего эксперта по геномным, транскриптомным и мультиомиксным экосистемам данных; консультировать ученых и ИТ-специалистов портфельных компаний по передовым практикам. Оценивать и рекомендовать соответствующие вычислительные ресурсы (HPC, облачные пакеты, спотовые экземпляры) для крупномасштабных геномных рабочих нагрузок. Быть в курсе достижений в области биоинформатических инструментов, эталонных наборов данных и стандартов общедоступных баз данных, внося вклад в постоянное развитие платформы. Вносить вклад в техническую документацию, материалы для адаптации и форумы для обмена знаниями для наращивания институционального потенциала в области биоинформатики. ТРЕБУЕМЫЕ КВАЛИФИКАЦИИ Степень магистра (M.S.) или доктора (Ph.D.) в области биоинформатики, вычислительной биологии, геномики, информатики или смежной области. 7+ лет практического опыта в инженерии биоинформатики, включая разработку и развертывание конвейеров производственного уровня. Глубокие знания геномных типов данных и форматов файлов (FASTQ, BAM/CRAM, VCF, BED, HDF5, AnnData и т. д.) и вычислительных инструментов, используемых для их обработки. Подтвержденный опыт создания и эксплуатации облачных биоинформатических рабочих процессов (предпочтительно AWS; Azure или GCP приемлемы) с использованием менеджеров рабочих процессов, таких как Nextflow, Snakemake или WDL. Сильные навыки программирования на Python и/или R, с опытом работы со скриптами оболочки для автоматизации конвейеров. Знакомство с общедоступными репозиториями геномных данных и системами доступа/соответствия, которые ими управляют (например, dbGaP, UK Biobank, TCGA). Подтвержденная способность управлять сложными внешними отношениями и процессами доступа к данным, включая DUA, заявки DAC и отчетность о соответствии. Отличные коммуникативные навыки и совместный стиль работы; комфортное взаимодействие как с научной, так и с технической аудиторией. ПРЕДПОЧТИТЕЛЬНЫЕ КВАЛИФИКАЦИИ Опыт администрирования или развертывания управляемых биоинформатических платформ, таких как CodeOcean, Sequera / Nextflow Tower, Tamarind.bio или аналогичных облачных сред рабочих процессов. Опыт работы в среде с несколькими компаниями или портфелем, поддержка различных научных команд с различными вычислительными потребностями. Знакомство с платформами одноклетомочных омиксных данных (10x Genomics, Seurat, Scanpy, scVelo) и рабочими процессами пространственной транскриптомики. Опыт работы с контейнеризацией (Docker, Singularity) и оркестрацией контейнеров для гибридных сред HPC/облака. Знание платформ управления данными, инструментов каталогизации (например, DataHub, Collibra) и отслеживания происхождения данных применительно к научным данным. Опыт внесения вклада или поддержки библиотек биоинформатики с открытым исходным кодом или общих репозиториев кода. Предыдущий опыт работы в биотехнологической, фармацевтической или технологической организации в области наук о жизни. О FLAGSHIP PIONEERING: Flagship Pioneering создает и развивает платформенные компании, каждая из которых имеет потенциал для выпуска множества продуктов, трансформирующих здоровье человека, устойчивое развитие и многое другое. С момента своего запуска в 2000 году Flagship основала более 100 компаний. Многие из этих компаний решали самые насущные проблемы человечества: вакцинация миллиардов людей от COVID-19, лечение неизлечимых болезней, улучшение здоровья человека, профилактика заболеваний и обеспечение продовольствием мира за счет повышения устойчивости и экологичности сельского хозяйства. Flagship дважды была отмечена в списке «Change the World» журнала FORTUNE, ежегодном рейтинге компаний, оказавших положительное социальное и экологическое воздействие посредством деятельности, являющейся частью их основной бизнес-стратегии, и дважды была названа Fast Company в ежегодном списке самых инновационных компаний мира. Узнайте больше о Flagship на www.flagshippioneering.com . В Flagship мы принимаем невыполнимые миссии, чтобы добиться больших прорывов. Наши основные ценности направляют нас сквозь неопределенность к долгосрочному влиянию. Мы являемся работодателем с равными возможностями. Все квалифицированные кандидаты будут рассмотрены на предмет трудоустройства независимо от расы, цвета кожи, религии, пола, сексуальной ориентации, гендерной идентичности, национального происхождения, инвалидности, статуса защищенного ветерана или любых других характеристик, защищенных законом. Мы признаем, что отличные кандидаты часто обладают уникальными сильными сторонами, не соответствуя всем квалификационным требованиям. Если у вас есть некоторый из перечисленных выше опыт, но не весь, пожалуйста, подайте заявку. Мы стремимся создавать разнообразные и инклюзивные команды и с нетерпением ждем возможности узнать больше о вашем опыте и заинтересованности в Flagship. Рекрутинговые и кадровые агентства: Flagship Pioneering и ее аффилированные компании Flagship Lab (совместно «FSP») не принимают непрошеные резюме из каких-либо источников, кроме кандидатов. Предоставление непрошеных резюме рекрутинговыми или кадровыми агентствами FSP или ее сотрудникам строго запрещено, если только с ними не связался напрямую внутренний отдел по подбору персонала Flagship Pioneering. Любое резюме, предоставленное агентством при отсутствии подписанного соглашения, автоматически становится собственностью FSP, и FSP не будет выплачивать никаких вознаграждений за подбор или иных платежей в связи с этим. Уведомление о конфиденциальности для соискателей: Когда вы подаете заявку на должность в Flagship Pioneering или одной из ее портфельных компаний, мы собираем и используем предоставленную вами личную информацию (такую как ваше имя, контактные данные, история работы и материалы заявки) для оценки вашей заявки, связи с вами и соблюдения юридических обязательств. Данные вашей заявки обрабатываются через Greenhouse, нашу систему отслеживания соискателей, и могут также проверяться с помощью инструментов автоматизированного скрининга. Мы не продаем вашу личную информацию. Резиденты Калифорнии имеют права в соответствии с CCPA/CPRA, включая право знать, удалять и отказаться от продажи своей личной информации. Если вы находитесь в ЕС или Великобритании, мы обрабатываем ваши данные в соответствии с GDPR, и вы имеете право на доступ, исправление и удаление ваших данных. Чтобы воспользоваться своими правами или задать вопросы, свяжитесь с контакт рекрутера. Диапазон заработной платы для этой должности составляет от 128 000 до 176 000 долларов США. Вознаграждение за эту должность будет зависеть от ряда факторов, включая квалификацию, навыки, компетенции и опыт кандидата. Flagship Pioneering в настоящее время предлагает медицинское страхование, ежегодную программу стимулирования, пенсионные пособия и широкий спектр других льгот. Информация о вознаграждении и льготах основана на добросовестной оценке Flagship Pioneering на дату публикации и может быть изменена в будущем. Уведомление о конфиденциальности для соискателей: Когда вы подаете заявку на должность в Flagship Pioneering или одной из ее портфельных компаний, мы собираем и используем предоставленную вами личную информацию (такую как ваше имя, контактные данные, история работы и материалы заявки) для оценки вашей заявки, связи с вами и соблюдения юридических обязательств. Данные вашей заявки обрабатываются через Greenhouse, нашу систему отслеживания соискателей, и могут также проверяться с помощью инструментов автоматизированного скрининга. Мы не продаем вашу личную информацию. Резиденты Калифорнии имеют права в соответствии с CCPA/CPRA, включая право знать, удалять и отказаться от продажи своей личной информации. Если вы находитесь в ЕС или Великобритании, мы обрабатываем ваши данные в соответствии с GDPR, и вы имеете право на доступ, исправление и удаление ваших данных. Чтобы воспользоваться своими правами или задать вопросы, свяжитесь с контакт рекрутера.